柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
栗田贯一 小林清志 井上真树夫 增山江威子 纳谷悟朗 平野绫 朴璐美 津嘉山正种 玄田哲章 藤原启治 永田博丈 后藤哲夫 三上哲 莲池龙三 山田敦彦 皆木俊彦 贵志昌文 雨宫弘树 伊牟田大 坂井恭子
矢岛晶子 楢桥美纪 藤原启治 兴梠里美 真柴摩利 林玉绪 一龙斋贞友 佐藤智惠 斋藤彩夏 村松康雄 长嶝高士 宝龟克寿 玄田哲章 大友龙三郎 岛香裕 江川央生 川津泰彦 大西健晴 小林修 大塚周夫 内海贤二 小林清志 内村光良
矢岛晶子 楢桥美纪 藤原启治 高田由美 真柴摩利 林玉绪 佐藤智惠 铃木玲子 富田耕生 中田浩二 加藤精三 纳谷六朗 屋良有作 盐泽兼人 笹冈繁藏 坂东尚树 山崎巧 挂川裕彦 优希比吕 宫内幸平 纱由里 兴梠里美 川田妙子 小宫悦子
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